Основной задачей Комиссии является координация действий, в частности, по вопросам ликвидации последствий чрезвычайной ситуации, информированию населения о принимаемых мерах по обеспечению санитарно-эпидемиологического благополучия населения, финансированию мероприятий по обеспечению ликвидации последствий чрезвычайной ситуации, возмещению федеральным органам исполнительной власти и бюджетам субъектов РФ расходов (затрат), связанных с ликвидацией последствий чрезвычайной ситуации, и прочее.
Решения, принимаемые Комиссией в соответствии с ее компетенцией, за исключением решений, оказывающих влияние на доходы и расходы бюджетов бюджетной системы РФ, являются обязательными для исполнения федеральными органами исполнительной власти и исполнительными органами субъектов РФ, если иное не установлено федеральными законами или актами Правительства РФ.